Una de las ventajas del uso de cultivos genéticamente modificados es la reducción en el uso de pesticidas y herbicidas. El uso de cultivos resistentes al glifosato ha reducido el uso de herbicidas más tóxicos y con mayor permanencia en el medio ambiente como la atracina, metribucina o el alacloro, reduciendo el riesgo de contaminación de acuíferos. Algunos estudios aislados indican, sin embargo, que el uso de plantas resistentes al glifosato pueden estar fomentando un mayor uso de este.
El uso de cultivos con el gen Bt reduce la necesidad de pesticidas convencionales. Entre 1996 y 2006, el uso de cultivos transgénicos permitió una reducción global en el uso de pesticidas de 286.000 toneladas, una disminución del 15%79 y la introducción del algodón Bt en la India ha permitido a pequeños agricultores mayores rendimientos de sus cultivos y menores gastos en pesticidas.
Un estudio sobre los efectos de la introducción de algodón Bt en seis provincias de China encontró que permitió la reducción del uso de pesticidas a la mitad, duplicando las poblaciones de mariquitas, crisopas y arañas, extendiéndose los beneficios medioambientales a los campos adyacentes de maíz, soja y cacahuetes.
Si en la Unión Europea el 50% de los cultivos fueran transgénicos, se estima que se dejarían de usar 14.5 millones de kilos de pesticidas y se produciría un ahorro de 20.5 millones de litros de diesel, lo que reduciría las emisiones de CO2 a la atmósfera en 73.000 toneladas.83
Sin embargo las especies evolucionan de forma natural para adaptarse a los nuevos ambientes. En noviembre de 2009, científicos de Monsanto encontraron que las lagartas rosadas (una especie de polilla) de algunas partes de Gujarat, India, se habían vuelto resistentes a la primera generación de algodón Bt, que solo expresa un gen, el Cry1AC. Esta resistencia se ha encontrado también en España, Australia, China y Estados Unidos.
DuPont-Dow dejó de vender maíz modificado para producir pesticida en Puerto Rico después de que se identificaran individuos de cogollero del maíz en la isla inmune a dicho pesticida.
Para contrarrestar estas adaptaciones se han desarrollado cultivos que expresan más de un gen Bt, que se dirigen a más de un receptor en los insectos, dificultando la aparición de individuos resistentes.
